中铁集装箱运输有限责任公司主营国内、国际集装箱铁路运输、集装箱多式联运、国际铁路联运；仓储、装卸、包装、配送等物流服务；集装箱、集装箱专用车辆、集装箱专用设施、铁路篷布等经营和租赁业务。兼营国际、国内货运代理，以及与上述业务相关的经济、技术、信息咨询和服务业务。

公司拥有北京东、杨浦、成都东、重庆东、大朗、昆明东6个集装箱办理站。现有20英尺、40英尺国际通用集装箱，有折叠式台架集装箱、板架式集装箱、双层汽车集装箱、罐式集装箱、散货水泥集装箱和散货集装箱等各种类型的专用集装箱，共计17.3万TEU。公司有集装箱专用平车9130辆，铁路篷布35万张。

公司正在实施经国务院批准的《中长期铁路规划》，建设上海、昆明、哈尔滨、广州、兰州、乌鲁木齐、天津、青岛、北京、青岛、北京、沈阳、成都、重庆、西安、郑州、武汉、大连、宁波、深圳18个具有国际先进技术设备和物流功能的大型集装箱中心站。改造40个大城市、大型港口和主要内陆口岸所在地的集装箱专办站，保留100个左右的集装箱办理站。目前在全国30个省、自治区、直辖市的740个铁路车站办理集装箱运输业务。

铁路集装箱中心站作为铁路集装箱运输和干线班列发送、到达、中转的重要基地，同时具有货物仓储、集散、信息等物流服务功能，是铁路集装箱运输实现由传统运输向现代物流转型的战略工程。

集装箱公司与国际著名的物流、投资、建设等公司合作。共同出资成立中铁国际联合集装箱有限公司，引进国际资本及先进管理经验和管理机制，承担铁路集装箱中心站建设和运输经营。目前上海和昆明中心站已经建成并开通运行。

集装箱公司还十分重视陆路口岸的建设，扩展大陆桥和国际铁路联运。公司已对阿拉山口集装箱换装站进行扩展改造，为扩大新亚欧大陆桥运输通道能力奠定基础。