东华工程科技股份有限公司前身是化学工业部第三设计院，原系国务院国资委直接管理的中国化学工程集团公司的全资子公司，现为中国化学工程股份有限公司设计板块的旗下公司。公司各拥有化工、石油化工、医药、市政、建筑等十多项甲级设计资质以及工程总承包甲级资质，具有对外工程总承包权和进出口经营权。

公司在信息化方面进行了大量的投入，多达1800个信息点的计算机网络结构化布线系统覆盖所有办公区域。人均拥有各类高性能计算机1.2台并全部联网。引进了大量的正版软件，三维工程设计已经成为公司的设计主流。

公司一直位居中国勘察设计行业百强之列，在化工勘察设计企业中名列前茅。

1963年3月，经化学工业部与安徽省人民委员会商定，成立“化学工业部淮南化工设计院”，自1963年3月1日起由化工部直接领导。 

1965年3月，更名为“化学工业部第三设计院”。

1972年9月，更名为“安徽省石油化工设计院”，隶属安徽省燃化局。

1978年8月，恢复“化学工业部第三设计院”名称，由化工部领导。

1985年4月，更名为“中国化学工程总公司合肥设计公司”，“化学工业部第三设计院”名称继续延用。

1987年5月，搬迁至合肥市。 

 1996年7月，注册为“化学工业部第三设计院（东华工程公司）”，“化学工业部第三设计院”名称继续延用。1997年化学工业部撤销后，隶属中国化学工程集团公司。

2001年，以化学工业部第三设计院为主发起人，联合中成进出口股份有限公司、中国环境科学研究院、安徽省经贸投资集团有限责任公司、安徽淮化集团有限公司组建“东华工程科技股份有限公司”。2001年6月，经国家经贸委批准，“东华工程科技股份有限公司”成立。