深圳南方男科医院成立于上世纪九十年代。是中国人民解放军总后勤部卫生部驻深圳南方男科医疗研究中心下属医院，是一所专业特色显著、学科门类齐全、集医疗、科研、保健、康复于一体的国际现代化男性专科医院，广泛的和国内外权威医疗科研机构开展合作。同时享有「中国十佳男性专科医院」和「中国医疗卫生行业诚信示范医院」；一次性通过ISO9001：2000国际质量认证，被授予“深圳最具影响力特色专科医院”荣誉称号。

为中国最具影响力的专科特色医院，医院遵循国际治疗男性疾病最新医疗模式，率先将男科诊疗精细化，分为：前列腺科室、男性性功能障碍科室、男性生殖器整形科室、泌尿感染科室及男性不育科室，打造真正的专病专治、专科细分的特色男性专科医院。

2007年8月，建军节80周年之际，医院开展了“真情回报社会，共享和谐健康”为主题公益活动，为全省伤残军人进行免费体检，同时为广大市民开放免费门诊等一系列活动。

2007年11月，深圳某单位发生一氧化碳中毒事件，医院接到求救电话后，迅速组织医疗小组，启动应急预案，及时合理实施救治，在医院的精心护理下，全部患者康复出院。

2008年1月 我省遭遇罕见冰雪灾害，深圳南方男科医院医疗小分队在深圳火车站为滞留旅客送医送药。

2008年5月12日14时28分，四川省阿坝州汶川一带发生新中国成立以来破坏性最强、涉及范围最广、受灾人数最多、救灾难度最大的地震灾害。在特大地震灾害面前，深圳南方医院即中国人民解放军总后勤部下属医院，接待信息后立即组建近40名医护人员抵达受灾中心，救死扶伤、治病救人。